پس از آن‌كه پنجمين دوره انتخابات رياست‌جمهوري هم‌زمان با همه‌پرسي اصلاحيه قانون اساسي در تاريخ ششم مرداد ۱۳۶۸ش برگزار شد، كم‌كم مقدمات آغاز به‌كار دولت جديد فراهم گرديد. تشكيل هرچه سريع‌تر اين دولت در شرايط ويژه آن روزهاي كشور، به‌عنوان اولين دولت بعد از رحلت حضرت امام (ره)، اهميت فوق‌العاده‌اي داشت. مطابق قانون اساسي، به‌منظور ايجاد بستر لازم براي تشكيل اين دولت، لازم بود تا حكم رئيس‌جمهور از سوي رهبر معظم انقلاب تنفيذ شود. بر اين اساس طي مراسمي كه در تاريخ ۱۲ مردادماه ۱۳۶۸ش با حضور مسئولين كشور و رئيس‌جمهور منتخب در محضر آيت‌الله خامنه‌اي در حسينيه جماران برگزار شد، هاشمي رفسنجاني از سوي رهبر انقلاب به سمت رئيس‌جمهور ايران منصوب و حكم وي تنفيذ گرديد. از اين تاريخ به‌بعد همواره تنفيذ دولت‌ها از سوي رهبر انقلاب در اين تاريخ انجام مي‌شود. مقام معظم رهبري حضرت آيت‌الله العظمي خامنه‌اي در بخشي از حکم تنفيذ رياست‌جمهوري حجت‌‌الاسلام هاشمي رفسنجاني، خطاب به رئيس‌جمهور منتخب و همكاران او در دولت آينده، تأكيد كردند: «رئيس‌جمهور محترم و كسانى را كه در اداره‌ كشور توفيق همكارى با ايشان را خواهند داشت، به رعايت تقوا و تداوم ياد خدا و حسن سلوك در ارتباط با مردم و به‌خصوص قشرهاى ضعيف و محروم كه صاحبان انقلاب و سربازان هميشه در صحنه‌ آن مى‌باشند و رعايت عزت و عظمت اسلام و استقلال سياسى و اقتصادى و فرهنگى جمهورى اسلامى در تنظيم روابط خارجى، توصيه مى‌كنم.»